Αποστολή της Μονάδας Εσωτερικού Ελέγχου είναι η βελτίωση της λειτουργίας του Συστήματος Εσωτερικού Ελέγχου, του οργανωμένου, δηλαδή, πλέγματος λειτουργιών και διαδικασιών, το οποίο περιλαμβάνει το σύστημα διακυβέρνησης, τη διαχείριση κινδύνων, το κανονιστικό πλαίσιο, τις πολιτικές, τις διαδικασίες, τις εντολές καθώς και τη λειτουργία Εσωτερικού Ελέγχου με σκοπό να παρέχεται μια εύλογη διαβεβαίωση όσων αφορά την επίτευξη των στόχων του σχετικά με την:
α) αποτελεσματικότητα και αποδοτικότητα των επιχειρησιακών του λειτουργιών,
β) αξιοπιστία των οικονομικών και λοιπών αναφορών,
γ) συμμόρφωση με τους νόμους, τους κανονισμούς και τις πολιτικές που διέπουν τη λειτουργία του.
Ο κύριος ρόλος της Μονάδας είναι η βελτίωση της λειτουργίας του Οργανισμού, προσθέτοντας αξία, έχοντας τους εξής επιχειρησιακούς στόχους:
α) τον έλεγχο των συστημάτων διακυβέρνησης και λειτουργίας και την παροχή εύλογης διαβεβαίωσης περί της επάρκειας αυτών, με σκοπό την υποστήριξη του Φορέα για την επίτευξη των στρατηγικών του στόχων και για τη λήψη μέτρων, όπου απαιτείται,
β) την παροχή συμβουλευτικών υπηρεσιών, είτε ως αρωγή προς τον Επικεφαλής του Φορέα είτε στο πλαίσιο του ετήσιου προγράμματος εργασιών, με στόχο τη βελτίωση της αποτελεσματικότητας του Φορέα,
γ) τη διασφάλιση της ορθής, αποτελεσματικής και ασφαλούς διαχείρισης και χρήσης των πληροφοριακών συστημάτων και
δ) την αξιολόγηση της λειτουργίας, των δραστηριοτήτων και των προγραμμάτων του Φορέα βάσει των αρχών της χρηστής δημοσιονομικής διαχείρισης.