Η Επιτροπή Ελέγχου που εγγυάται την ανεξαρτησία της Μονάδας Εσωτερικού Ελέγχου, παρακολουθεί τις εργασίες της, διασφαλίζει την ποιότητα του έργου της και ότι οι συστάσεις της λαμβάνονται δεόντως υπόψη από τον Επικεφαλής του φορέα.
Απαρτίζεται από τρία (3) μέλη, εκ των οποίων ένα (1) διαθέτει ελεγκτική εμπειρία. Τα μέλη της προέρχονται από άλλους φορείς του δημόσιου τομέα και δεν μπορούν να έχουν σχέση
εξαρτημένης εργασίας με τον φορέα που εμπίπτουν στην αρμοδιότητα της οικείας Επιτροπής.
Κατά την εκτέλεση των καθηκόντων της, η Επιτροπή Ελέγχου λαμβάνει υπόψη της τα Πρότυπα για την Επαγγελματική Εφαρμογή του Εσωτερικού Ελέγχου, το Πλαίσιο Συστήματος εσωτερικού Ελέγχου της Επιτροπής C.O.S.O. και τις βέλτιστες πρακτικές, που διαμορφώνονται από φορείς όπως η Επιτροπή C.O.S.O. και το Ινστιτούτο Εσωτερικών Ελεγκτών (I.I.A.).
Η Επιτροπή Ελέγχου συγκροτείται κατόπιν πρόσκλησης εκδήλωσης ενδιαφέροντος και ως ανεξάρτητο σώμα, δεν έχει αρμοδιότητες διαχείρισης και διοίκησης του Φορέα. Η θητεία των μελών της ορίζεται στα τρία έτη με δυνατότητας ανανέωσης για αντίστοιχο χρονικό διάστημα.
Η διαδικασία συγκρότησης της Επιτροπής αναμένεται αν έχει ολοκληρωθεί το δεύτερο τρίμηνο του 2025.