Η Επιτροπή Ελέγχου δραστηριοποιείται ως ανεξάρτητο σώμα χωρίς αρμοδιότητες διαχείρισης και διοίκησης του Φορέα. Ωστόσο, μέσω της Επιτροπής διασφαλίζεται η ανεξαρτησία της λειτουργίας της Μονάδας Εσωτερικού Ελέγχου, σε συνδυασμό με την οργανωτική υπαγωγή της τελευταίας απευθείας στον Επικεφαλής του Φορέα.
Η Επιτροπή Ελέγχου παρακολουθεί τις εργασίες της Μονάδας Εσωτερικού Ελέγχου σε θέματα Εσωτερικού Ελέγχου καθώς η Μονάδα προβλέπεται να υποβάλει σε αυτήν το Ετήσιο Πρόγραμμα Εργασιών, το αργότερο εντός του Ιανουαρίου κάθε έτους, όπως και την Ετήσια Έκθεση Μονάδας Εσωτερικού Ελέγχου που υποβάλλεται στον Επικεφαλής έως τις 31 Μαρτίου κάθε έτους.
Τα έμπειρα μέλη της Επιτροπής Ελέγχου διασφαλίζουν αποτελεσματικότητα και ποιότητα στο έργο της Μονάδας Εσωτερικού Ελέγχου παρέχοντας συμβουλευτική υποστήριξη σε θέματα που άπτονται των αρμοδιοτήτων και την αποστολή της Μονάδας.
Η Επιτροπή Ελέγχου, μέσα από τη συστηματική παρακολούθηση της αποτελεσματικότητας της λειτουργίας του Συστήματος Εσωτερικού Ελέγχου όπως και του συστήματος διαχείρισης κινδύνων διασφαλίζει ότι οι συστάσεις της Μονάδας Εσωτερικού Ελέγχου λαμβάνονται δεόντως υπόψη από τον Επικεφαλής του Φορέα.