Ο Εσωτερικός Έλεγχος (Internal Audit) είναι μια ανεξάρτητη, αντικειμενική, διαβεβαιωτική και συμβουλευτική δραστηριότητα, σχεδιασμένη να προσδίδει αξία και να βελτιώνει τις λειτουργίες του Φορέα. Βοηθάει τον Οργανισμό να επιτύχει τους αντικειμενικούς του στόχους, υιοθετώντας μια συστηματική, επαγγελματική προσέγγιση στην αξιολόγηση και βελτίωση της αποτελεσματικότητας των διαδικασιών διαχείρισης κινδύνων, του Συστήματος Εσωτερικού Ελέγχου και των διαδικασιών διακυβέρνησης.
Η λειτουργία του εσωτερικού ελέγχου ασκείται από τη Μονάδα Εσωτερικού Ελέγχου, η οποία αποτελεί και μέρος του Συστήματος Εσωτερικού Ελέγχου (Internal Control System), παρέχοντας στον Επικεφαλής του Φορέα εύλογη διαβεβαίωση και συμβουλευτικές υπηρεσίες σχετικά με την επάρκεια και την αποτελεσματικότητα του συστήματος και των διαδικασιών διακυβέρνησης, διαχείρισης των κινδύνων και των επιμέρους στοιχείων και δικλίδων ελέγχου του Συστήματος Εσωτερικού Ελέγχου.