Το Σύστημα Εσωτερικού Ελέγχου αναφέρεται σε ένα οργανωμένο πλέγμα λειτουργιών και διαδικασιών, το οποίο περιλαμβάνει το σύστημα διακυβέρνησης, τη διαχείριση κινδύνων, το κανονιστικό πλαίσιο, τις πολιτικές, τις διαδικασίες, τις εντολές, καθώς και τη λειτουργία Εσωτερικού Ελέγχου. Διαρθρώνεται σε τρία επίπεδα με διαφορετικές αρμοδιότητες, ευθύνες και ρόλους στο ευρύτερο πλαίσιο διακυβέρνησης του Οργανισμού όπως ταυτόχρονα επιμερίζονται ανά επίπεδο διαφορετικές αρμοδιότητες και ρόλοι:
α) Η πρώτη γραμμή περιλαμβάνει τις οργανικές μονάδες, καθώς και το σύνολο των υπαλλήλων με
οποιαδήποτε σχέση εργασίας που κατά την άσκηση των αρμοδιοτήτων τους εκτελούν τις διεργασίες
εντοπισμού και μετριασμού των κινδύνων, αναπτύσσει δικλίδες ελέγχου, τις παρακολουθεί και τις αξιολογεί, εφαρμόζει διορθωτικές ενέργειες και διασφαλίζει τη συμμόρφωση με τις νομικές, κανονιστικές και ηθικές υποχρεώσεις.
β) Η δεύτερη γραμμή δεύτερη γραμμή περιλαμβάνει τις οργανικές μονάδες και τα μονοπρόσωπα ή συλλογικά όργανα του Φορέα που έχουν ως αρμοδιότητα τη διασφάλιση της τήρησης της νομιμότητας, τη διαχείριση των κινδύνων που απειλούν την εύρυθμη λειτουργία του, καθώς και τη συνολική παρακολούθηση και αξιολόγηση των δικλίδων ελέγχου, που εκτελούνται από την πρώτη γραμμή ρόλων, λειτουργώντας ανεξάρτητα από αυτήν. Παρέχει υποστήριξη και παρακολούθηση στην ανάπτυξη και εφαρμογή πολιτικής και πλαισίου διαχείρισης κινδύνων, συμμόρφωση με τη νομοθεσία, τους κανονισμούς και αποδεκτούς ηθικούς κανόνες, ασφάλεια της πληροφορίας και διασφάλιση της ποιότητας.
γ) Η τρίτη γραμμή περιλαμβάνει τη Μονάδα Εσωτερικού Ελέγχου, η οποία παρέχει στον Επικεφαλής του Οργανισμού εύλογη διαβεβαίωση και συμβουλευτικές υπηρεσίες σχετικά με την επάρκεια και την αποτελεσματικότητα του συστήματος και των διαδικασιών διακυβέρνησης, διαχείρισης των κινδύνων και των επιμέρους στοιχείων και δικλίδων ελέγχου του Συστήματος Εσωτερικού Ελέγχου, που αποτελούν αρμοδιότητα των δύο πρώτων γραμμών ρόλων.
Η Διοίκηση περιλαμβάνει τα όργανα διοίκησης, ήτοι το Διοικητικό Συμβούλιο.
Επικεφαλής του Φορέα είναι ο Πρόεδρος ΔΣ/ΕΟΦ ο οποίος είναι υπεύθυνος για τη συνολική εποπτεία του Οργανισμού, την ανάθεση καθηκόντων και εκχώρηση αρμοδιοτήτων, την καλλιέργεια κουλτούρας ηθικής, λογοδοσίας, ακεραιότητας και διαφάνειας, την εξασφάλιση των απαιτούμενων πόρων όπως και την επίβλεψη, υποστήριξη και διασφάλιση της ανεξαρτησίας και αντικειμενικής λειτουργίας της Μονάδας Εσωτερικού Ελέγχου.
