Η αυτοτελής και ανεξάρτητη Μονάδα Εσωτερικού Ελέγχου στα πλαίσια υλοποίησης του έργου της συνεργάζεται με:
α) τον Επικεφαλής του Οργανισμού, το Διοικητικό Συμβούλιο, την Ανώτερη Διοίκηση, τις Διευθύνσεις, τα Γραφεία και τις Υπηρεσίες του Εθνικού Οργανισμού Φαρμάκων όπως και λοιπούς εργαζόμενους σε αυτόν. Οι εσωτερικοί ελεγκτές κατά την εκτέλεση των καθηκόντων τους, έχουν πλήρη και απρόσκοπτη πρόσβαση σε όλα τα αρχεία, φυσικά στοιχεία, έγγραφα, χώρους και δραστηριότητες του Φορέα. Σε περίπτωση που στο πλαίσιο ενός συγκεκριμένου ελεγκτικού έργου, απαιτείται πρόσβαση σε πληροφοριακό σύστημα έτερου φορέα, χορηγείται σχετική άδεια κατόπιν εγγράφου αιτήματος, τηρουμένων των διατάξεων περί προστασίας συγκεκριμένων κατηγοριών δεδομένων.
Η λειτουργική ανεξαρτησία της Μονάδας διασφαλίζεται με την οργανωτική υπαγωγή της απευθείας στον Επικεφαλής του Φορέα καθώς και με τη σύσταση και λειτουργία της Επιτροπής Ελέγχου.
β) την Επιτροπή Ελέγχου, η οποία ως ανεξάρτητο σώμα χωρίς αρμοδιότητες διαχείρισης και διοίκησης στον Οργανισμό, παρακολουθεί τις εργασίες της Μονάδας, την αποτελεσματικότητα του Συστήματος Εσωτερικού Ελέγχου και τη λειτουργία διαχείρισης κινδύνων συμβάλλοντας θετικά στην αποδοτική και αποτελεσματική εκτέλεση του έργου της Μονάδας, παρέχοντας συμβουλές στα πλαίσια της αποστολής της και διασφαλίζοντας ότι οι συστάσεις της Μονάδας λαμβάνονται δεόντως υπόψη από τον Επικεφαλής του Φορέα.
γ) τους αρμόδιους φορείς για τον συντονισμό, την παρακολούθηση και την αξιολόγηση της λειτουργίας της. Οι φορείς αυτοί είναι η Εθνική Αρχή Διαφάνειας, το Ελεγκτικό Συνέδριο και η Γενική Γραμματεία Δημοσίων Εσόδων του Υπουργείου Οικονομικών
1) Η Εθνική Αρχή Διαφάνειας, ως αρμόδιος φορέας, σύμφωνα με το άρθρο 83 του ν. 4622/2019 Α’133) και τις διατάξεις που διέπουν την οργάνωση και λειτουργία της:
i) αναπτύσσει το θεσμικό, οργανωτικό και επιχειρησιακό πλαίσιο για το Εθνικό Σύστημα Εσωτερικού Ελέγχου, τη λειτουργία εσωτερικού ελέγχου και τη λειτουργία διαχείρισης κινδύνων, σε συνεργασία με τα αρμόδια υπουργεία για τη δημόσια διοίκηση και τη δημοσιονομική διαχείριση,
ii) σχεδιάζει και αναπτύσσει πρότυπα, μεθοδολογίες και εργαλεία εσωτερικού ελέγχου,
iii) συντονίζει και υποστηρίζει τη λειτουργία και την ελεγκτική δράση των Μονάδων Εσωτερικού Ελέγχου,
iv) παρακολουθεί και αξιολογεί το έργο και τη δράση των Μονάδων Εσωτερικού Ελέγχου και υποβάλλει προτάσεις για την αντιμετώπιση τυχόν προβλημάτων που κατεγράφησαν κατά τη διαδικασία της αξιολόγησης,
v) ενημερώνεται για τις εκθέσεις και τα πορίσματα των Μονάδων Εσωτερικού Ελέγχου, καθώς και για την πορεία υλοποίησης των προτάσεών τους, οποτεδήποτε το ζητήσει, σύμφωνα με τα αναφερόμενα στην περ. η) της παρ. 2 του άρθρου 83 του ν. 4622/2019.
2) Το Ελεγκτικό Συνέδριο παρακολουθεί, ελέγχει και αξιολογεί την αποτελεσματικότητα και την επάρκεια της Μονάδας Εσωτερικού Ελέγχου, σύμφωνα με τα οριζόμενα στο άρθρο 169 του ν. 4270/2014 (Α’ 143) και τις διατάξεις που διέπουν την οργάνωση και λειτουργία αυτού.
3) Το Υπουργείο Οικονομικών, σύμφωνα με τον ν. 3492/2006 (Α΄210), ελέγχει την επάρκεια του Συστήματος Εσωτερικού Ελέγχου βάσει των αρχών της χρηστής δημοσιονομικής διαχείρισης, στο πλαίσιο των αρμοδιοτήτων του.